Yükseköğretim Kurulu Başkanlığı koordinatörlüğünde yürütülen Bölgesel Kalkınma Odaklı Misyon Farklılaşması ve İhtisaslaşma Programı ile üniversiteler kalkınmaya destek sağlıyor. Programa 2006 sonrası kurulan yükseköğretim kurumları dahil ediliyor ve kapsama alınacak üniversiteler, bölgede öne çıkan faaliyetler doğrultusunda belirleniyor. Şu ana kadar programa dahil edilen üniversitelerden Bingöl Üniversitesi, tarım ve havza bazlı kalkınma; Burdur Mehmet Akif Ersoy Üniversitesi, Muş Alpaslan Üniversitesi hayvancılık; Düzce Üniversitesi, sağlık ve çevre; Kırşehir Ahi Evran Üniversitesi, tarım ve jeotermal; Uşak Üniversitesi, tekstil, dericilik ve seramik; Aksaray Üniversitesi, sağlık ve spor; Kastamonu Üniversitesi, tabiat turizmi ve ormancılık; Rize Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi, çay; Hitit Üniversitesi, makine ve imalat teknolojileri konusunda çalışıyor.